Kurzbeschreibung
Proteine sind Moleküle, die aus Aminosäuren aufgebaut sind, und zählen zu den wichtigsten Grundbausteinen von Zellen. Ihre Funktionsweise zu vestehen ist der Schlüssel zum Verständnis der komplexen Vorgänge in Lebewesen; zahlreiche Krankheiten oder Veränderungen im Körper werden oft durch Veränderungen von Proteinen ausgelöst.
Der Algorithmus MS Amanda wurde entwickelt, um Proteine und Peptide (kleine Proteine bzw. Teile von Proteinen) aus hochauflösenden Massenspektrometrie-Daten identifizieren zu können. Moderne Tandem-Massenspektrometer ermöglichen es, Fragmente von Molekülen sehr genau zu bestimmen. MS Amanda ist in der Lage mehr Peptide und Proteine auf Basis von Massenspektrometrie-Daten richtig zu identifizieren als die derzeit als Gold-Standard gesehenen Algorithmen (speziell Mascot und Sequest). MS Amanda ist frei verfügbar und kann sowohl als Plugin für Proteome Discoverer als auch als eigenständiges Programm verwendet werden.
Ansprechperson
DI (FH) Viktoria Dorfer MSc
Research Services
Identifikation von Proteinen aus Massenspektrometriedaten
Methoden & Expertise zur Forschungsinfrastruktur
Bioinformatik, Proteomik, Medizin
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24909410