Kurzbeschreibung
Die Core Facility Genomics integriert fortschrittliche Plattformen für Genom-weite Expressionsanalysen, Genom- und Methylomuntersuchungen sowie modernste Technologien im Bereich der räumlichen Omik. Diese Verfahren ermöglichen die Erforschung von Signalwegen und zellulärer Kommunikation in gesundem und krankhaft verändertem Gewebe.
Zur Geräteinfrastruktur gehören: Nanostring GeoMX DSP, 10x Genomics Xenium In Situ, 10x Genomics Chromium Single Cell System, Illumina NextSeq 550, Affymetrix Gene Atlas Station, PyroMark Q24 Workstation, RotorQ qPCR-Geräte.
Ansprechperson
Univ.-Prof. Dr. Fritz Aberger
Research Services
DNA-Methylierungsanalysen, globale und räumlich aufgelöste Genexpressionsanalysen (Bulk, Einzelzelle und In-situ), Exom- und Genomsequenzierung, Signaltransduktionsanalysen sowie die Integration von Multi-Omics-Daten über genomische, epigenetische und räumlich differenzierte Informationen hinweg.
Methoden & Expertise zur Forschungsinfrastruktur
Die Core Facility Genomics unterstützt nationale und internationale Kooperationsprojekte zur molekulargenetischen, epigenetischen sowie zellulären/biochemischen Analyse verschiedenster biologischer Proben – darunter auch heterogene Krebs- und Entzündungsgewebe.
Der Fokus liegt auf der Genom-weiten und räumlich aufgelösten Analyse der mRNA-Expression auf Einzelzell- und subzellulärer Ebene, auf epigenetischen Modifikationen wie der DNA-Methylierung in Krebszellen sowie auf DNA-Sequenzanalysen im Bereich der biomedizinischen Forschung.
Equipment
Salzburger Krebsforschungsinstitut
Fachbereich Biowissenschaften
Universitätsklinikum Salzburg
Cancer Cluster Salzburg
Universität Erlangen
Universität Göttingen
Deutsches Krebsforschungszentrum Heidelberg
Universität Wien
Universität Ghent
Ludwig-Maximillian-Universität (LMU) München
Universität Linz
Paracelsus Medizinische Privatuniversität (PMU), Salzburg
2014-2017
Fritz Aberger
Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung: FWF P25629
https://www.fwf.ac.at
Hedgehog-EGFR Signaltransduktion im Basaliom
2008-2011
Fritz Aberger
Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung: FWF P20652
https://www.fwf.ac.at
Targeting E-cadherin - Functional role of E-cadherin shedding in Helicobacter pylori-associated carcinogenesis
2012-2017
Silja Wessler
Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung: FWF P_24074
https://www.fwf.ac.at
Cancer Cluster Salzburg
2017-2020
F. Aberger, J. Horejs-Hoeck, A. Risch, S. Wessler, C. Huber, R. Greil (SALK/PMU, SCRI)
Land Salzburg
https://www.cancercluster-salzburg.at
Epigenetics of Immunity in cancer (EPIC)
2019-2022
F. Aberger, J. Horejs-Hoeck
EU
https://www.plus.ac.at/biowissenschaften/der-fachbereich/arbeitsgruppen/aberger
BIOMED CENTER SALZBURG
2020-2023
F. Aberger
Land Salzburg
https://www.plus.ac.at/biowissenschaften
2024
Lahnsteiner A, Craig SJC, Karnali K, Weissensteiner B, McGrath B, Risch A, Makova KD
Methods in Enzymology 2024:695:159-191.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0076687923003956?via%3Dihub
Disease-related blood-based differential methylation in cystic fibrosis and its representation in lung cancer revealed a regulatory locus in PKP3 in lung epithelial cells.
2022
Schamschula, E., Lahnsteiner, A., Assenov, Y., Hagmann, W., Zaborsky, N., Wiederstein, M., Strobl, A., Stanke, F., Muley, T., Plass, C., Tümmler, B., Risch, A.
Epigenetics. 2022 Aug;17(8):837-860.
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/15592294.2021.1959976
Genetic variants of PTPN2 are associated with lung cancer risk: a re-analysis of eight GWASs in the TRICL-ILCCO consortium.
2017
Feng Y, Wang Y, Liu H, Liu Z, Mills C, Han Y, Hung RJ, Brhane Y, McLaughlin J, Brennan P, Bickeboeller H, Rosenberger A, Houlston RS, Caporaso NE, Teresa Landi M, Brueske I, Risch A, Ye Y, Wu X, Christiani DC, Amos CI, Wei Q.
Scientific Reports 2017 Apr 11;7(1):825
DOI: 10.1038/s41598-017-00850-0.
Helicobacter pylori Employs a Unique Basolateral Type IV Secretion Mechanism for CagA Delivery.
2017
Tegtmeyer N, Wessler S, Necchi V, Rohde M, Harrer A, Rau TT, Asche CI, Boehm M, Loessner H, Figueiredo C, Naumann M, Palmisano R, Solcia E, Ricci V, Backert S.
Cell Host & Microbe 2017 Oct 11;22(4): 552-560.e5
DOI: 10.1016/j.chom.2017.09.005.
Hedgehog-EGFR cooperation response genes determine the oncogenic phenotype of basal cell carcinoma and tumour-initiating pancreatic cancer cells
2012
Eberl M, Klingler S, Mangelberger D, Loipetzberger A, Damhofer H, Zoidl K, Schnidar H, Hache H, Bauer HC, Solca F, Hauser-Kronberger C, Ermilov AN, Verhaegen ME, Bichakjian CK, Dlugosz AA, Nietfeld W, Sibilia M, Lehrach H, Wierling C, Aberger F.
EMBO Molecular Medicine
DOI: 10.1002/emmm.201100201
Epidermal activation of Hedgehog signaling establishes an immunosuppressive microenvironment in basal cell carcinoma by modulating skin immunity
2020
Sandra Grund-Gröschke, Daniela Ortner, Antal B Szenes-Nagy, Nadja Zaborsky, Richard Weiss, Daniel Neureiter, Martin Wipplinger, Angela Risch, Peter Hammerl, Richard Greil, Maria Sibilia, Iris K Gratz, Patrizia Stoitzner, Fritz Aberger
Mol. Oncology
DOI: 10.1002/1878-0261.12758
Context-dependent modulation of aggressiveness of pediatric tumors by individual oncogenic RAS isoforms.
2021
Bauer J, Cuvelier N, Ragab N, Simon-Keller K, Nitzki F, Geyer N, Botermann DS, Elmer DP, Rosenberger A, Rando TA, Biressi S, Fagin JA, Saur D, Dullin C, Schildhaus HU, Schulz-Schaeffer W, Aberger F, Uhmann A, Hahn H.
Oncogene
DOI: 10.1038/s41388-021-01904-4
DNA Methylation Signatures Predicting Bevacizumab Efficacy in Metastatic Breast Cancer
2018
Gampenrieder SP, Rinnerthaler G, Hackl H, Pulverer W, Weinhaeusel A, Ilic S, Hufnagl C, Hauser-Kronberger C, Egle A, Risch A, Greil R..
Theranostics
doi: 10.7150/thno.23544